تعداد کل طرح‌های کلان ملی مصوب شورای عالی علوم تحقیقات و فناوری (عتف) در اواخر فعالیت دولت قبل برابر 47 طرح کلان با اعتبار معادل 25 هزار میلیارد ریال بوده است که از این میزان اعتبار تا پایان فعالیت دولت قبل، صرفا مبلغ 681.5 میلیارد ریال برای طرح‌های کلان با 3/85 درصد متوسط پیشرفت به دانشگاه‌ها پرداخت شده است.

دبیرخانه شورای عالی عتف در دوره جدید فعالیت خود به منظور پیشبرد طرح‌های کلان ملی و به منظور جلوگیری از هدر رفت منابع کشور به دلیل عدم پیش‌بینی منابع مالی و فقدان چهارچوب ارزیابی و توزیع منابع متناسب با پیشرفت طرح‌ها، اقدامات گسترده‌ای را طی یک سال گذشته انجام داده است.

• تهیه چارچوب ارزیابی ساختاری طرح‌های کلان ملی به عنوان مبنای تخصیص بودجه
• پرداخت سه دوره اعتبارات هزینه‌ای و یک دوره اعتبار تملک دارایی سرمایه‌ای جمعا به مبلغ 213.3 میلیارد ریال به مجریان (دانشگاه‌ها و موسسات تحقیقاتی) طرح‌های کلان ملی براساس چارچوب طراحی شده
• جلب حمایت مالی برای 27 طرح کلان ملی از سوی دستگاه‌های سفارش دهنده
• پیشنهاد تخصیص اعتبار تملک دارایی سرمایه‌ای به طرح‌های کلان ملی در سال 1393 به میزان 116.4 میلیارد ریال
• برگزاری کارگروه‌های تخصصی بر اساس مصوبه پانزدهمین جلسه شورای عالی عتف به منظور ارزیابی مجدد طرح‌های کلان ملی

بر اساس ارزیابی‌های انجام شده توسط کارگروه‌های تخصصی، هیچ یک از طرح‌های کلان ملی رد نشده و متوقف آنها نيز صحت ندارد. دبیرخانه شورای عالی عتف نيز در راستای انجام وظایف و تکالیف قانونی خود در خصوص طرح‌های کلان ملی پژوهش و فناوری برنامه‌های ذیل را در دستور کار خود قرار داده است:

• تشکیل کارگروه‌های تخصصی متشکل از نمایندگان دستگاه‌های منتخب در مصوبه شانزدهمین جلسه شورای عالی به منظور پیشنهاد ساختار مدیریتی و نظارتی و نحوه تامین منابع مالی و تخصیص بودجه به طرح‌های کلان ملی
• تدوین پیش‌نویس آیین‌نامه ساختار مدیریتی- نظارتی و نحوه تامین منابع مالی و تخصیص بودجه به طرح‌های کلان ملی
• طراحی و استقرار پورتال جامع طرح‌های کلان ملی
• طراحی معماری مفهومی و نظام مدیریت و کنترل راهبردی طرح‌های کلان ملی